物体の数を数える（まとめ）

今まで比較のためにいくつかのパラメータを変えて実行していたのを引数で渡して処理するように変更した。 また、結果のlabel配列をファイルに保存するように修正した。

npyobj.pyとして作成。

# coding: utf-8

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.ndimage
import re
import sys


NPY_DIR = "/Users/pycra/Desktop/NPY_DATA"
NPY_FILENAME = "npyobj({:d}){}"

if len(sys.argv) < 2:
    sys.exit("Usage: npyobj.py npyfilename [shubetsu] [minsize] [plot]")

shubetsu = 3    # 3=内水面
if len(sys.argv) >= 3:
    shubetsu = int(sys.argv[2])

minsize = 1
if len(sys.argv) >= 4:
    minsize = int(sys.argv[3])

plot = False
if len(sys.argv) >= 5:
    if sys.argv[4] == 'plot':
        plot = True

m = re.search('npysurf((\-[0-9]+)+)\.npy', sys.argv[1])
if m is None:
    sys.exit("Bad filename")

array = np.load(NPY_DIR+"/"+sys.argv[1])
array = 1 * (array == shubetsu)

im_open = scipy.ndimage.binary_opening(array, np.ones((minsize, minsize)), iterations=2)
label, num_features = scipy.ndimage.measurements.label(im_open)
print("num_features=", num_features)

if num_features == 0:
    sys.exit("No object")

np.save(NPY_DIR+"/"+NPY_FILENAME.format(num_features, m.group(1)), label)

if plot == False:
    sys.exit(0)

plt.subplot(211)
plt.imshow(array, cmap='Greys_r')
plt.colorbar()
plt.subplot(212)
plt.imshow(label, cmap='Greys_r')
plt.colorbar()
plt.show()